I. TỔ CHỨC HÀNH CHÍNH THUỘC SỞ:

1. Phòng Quản lý Đầu tư;

2. Phòng Kế hoạch - Tài chính;

3. Phòng Kết cấu hạ tầng Xây dựng và Giao thông;

4. Phòng Vận tải và An toàn giao thông;

5. Phòng Quản lý xây dựng và chất lượng công trình;

6. Phòng Quy hoạch - Kiến trúc;

7. Phòng Quản lý nhà và thị trường bất động sản;

8. Văn phòng;

9. Thanh tra.

II. ĐƠN VỊ SỰ NGHIỆP CÔNG LẬP THUỘC SỞ:

1. Viện Quy hoạch xây dựng;

2. Trung tâm Quản lý nhà ở và Chất lượng công trình xây dựng;

3. Trung tâm Quản lý hạ tầng giao thông thủy bộ;

4. Trung tâm Quản lý và Điều hành giao thông đô thị;

5.Trung tâm kiểm định kỹ thuật, phương tiện thiết bị giao thông thủy, bộ;

6. Cảng vụ đường thủy Nội địa;